В «Первой лекции о церковной власти», прочитанной в 1532 году, Витория развивает свою теорию власти, начатую им в «Лекции о гражданской власти». Церковная власть мыслится им прежде всего властью духовной, и покоится на двух основаниях — власти совершать таинства и власти отдельной юрисдикции. Соответственно этому разделению выстраивается и структура лекции: вводная ее часть посвящена разбору понятий «церковь» и «власть», первая часть освещает власть Церкви совершать таинства, прежде всего — таинство покаяния; вторая часть посвящена проблемам судебной власти Церкви. Рассматривая проблемы церковной власти, Витория несколько раз обращается и к проблемам светской, делая несколько важных замечаний относительно природы государства.